SNSB, SNSB IT-Zentrum

Umweltproben an naturhistorischen Sammlungen - ein neues Forschungsprojekt entwickelt Standards zur Erschließung forschungsrelevanter Information

03. Juni 2014

 

Umweltproben werden seit langem im Rahmen von Forschungsprojekten, sei es im Bereich Natur- und Umweltschutz oder in der ökologischen Forschung, gewonnen und analysiert. In den letzten Jahren allerdings wurden neue Verfahren entwickelt, um aus Umweltproben die Gesamtheit der DNS, Enzyme, Proteine usw. zu gewinnen und diese hinsichtlich ihrer Zusammensetzung und Funktion zu analysieren. Umweltproben mit organischen Bestandteilen werden an Institutionen mit Biobanken, Kultur-Sammlungen, DNA- und Gewebebanken sowie an naturhistorischen Sammlungen langfristig gelagert. Es handelt sich dabei u. a. um Sedimente mit Mikroalgen, Bodenproben mit Pilzsporen oder Mischproben von Insekten aus Fallen, um Gewebe- und Organproben mit mikrobiellen Besiedlern sowie um Wasser-, Boden- oder Luftproben.

Die Deutsche Forschungsgemeinschaft fördert für die kommenden zwei Jahre ein Verbundprojekt ("Towards an integrative and comprehensive standard for meta-omics data of collection objects (mod-co)") zur Entwicklung eines Standards für das Management der Daten zu Umweltproben aus dem Bereich der aktuellen molekularen Forschung.

Mit dem Projekt soll - in Kooperation mit internationalen Experten - ein Datenstandard mit allgemein gültigen Vokabularien entwickelt werden. Damit können verschiedene Materialien bzw. Sammlungsproben, ihre Kenngrößen, Eigenschaften und Verfügbarkeit beschrieben werden, die Forschungsdaten besser organisiert und über das Internet mit anderen Daten verknüpft werden. Am Ende stehen Erkenntnisse z. B. über die mikrobielle Zusammensetzung von Proben, welche relevant für Land- und Forstwirtschaft, Medizin und Industrie sind.

Beteiligt sind neben den Staatlichen Naturwissenschaftlichen Sammlungen Bayerns (SNSB) mit Frau Dr. Dagmar Triebel (SNSB IT-Zentrum) Partner aus der Jacobs University Bremen und Max-Planck-Institut für Marine Mikrobiologie, Mikrobielle Genomik und Bioinformatik (Prof. Dr. Frank Oliver Glöckner) und der Universität Bayreuth (Prof. Dr. Gerhard Rambold, DNA-Analytik und Mykologie).

Um die Zusammenarbeit der Projektpartner zu erleichtern und die gemeinsame Erstellung von Schemas und Vokabularien zu befördern, wird eine Wiki-basierte Plattform mit semantischer Funktionalität aufgebaut (www.mod-co.net). Die Website fungiert in ihrem passwort-geschützten Bereich als Arbeitsumgebung, bietet aber auch die Möglichkeit, das Projekt MOD-CO und seine Ergebnisse zu dokumentieren und der Öffentlichkeit zu präsentieren.

Ansprechpartner:

Frau I. Leininger: Tel.: 089 17861-253, Email: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! Frau Dr. D. Triebel: Tel.: 089 17861-252, Email: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! Frau I. Sebek (Sekretariat): Tel.: 089 17861-265, Email: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

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