Die Sammlungen der SNSB blicken auf eine gut 200jährige Geschichte zurück: bei ihrer Gründung im Jahre 1759 erhielt die  Bayerische Akademie der Wissenschaften von Kurfürst Maximilian III. Joseph den Auftrag, wissenschaftliche Sammlungen anzulegen. Zum damaligen Zeitpunkt gab es in München noch keine Universität. Bereits damals wurden naturkundliche Sammlungen von Mineralien, Gesteinen, Tieren und Pflanzen als wichtige Ressource für Forschung und Lehre erkannt und in die Verantwortung des Staates gestellt.

Großen Zuwachs bekamen die naturwissenschaftlichen Sammlungen 1807 durch die Übergabe des früheren kurfürstlichen Naturalienkabinetts sowie der im Rahmen der Säkularisation vom Staat übernommenen Sammlungen der Klöster und bald auch der naturkundlichen Sammlungen der Universität.

Am 21. März 1827 wurde durch die 2. Königliche Verordnung Ludwigs I. das „General-Conservatorium der wissenschaftlichen Sammlungen des Staates“ gegründet, die SNSB wurden damit sowohl von der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, als auch von der Universität unabhängig. Ab 1927 kam es dann aber zur völligen Trennung von Bayerischer Akademie der Wissenschaften und Staatlichen Naturwissenschaftlichen Sammlungen, die SNSB erhielten einen Generaldirektor und wurden als Mittelbehörde direkt einem Staatsministerium unterstellt. Nach einigen Umstrukturierungen und Ausgliederungen tragen die SNSB seit 1969 die Bezeichnung „Generaldirektion der Staatlichen Naturwissenschaftlichen Sammlungen Bayerns“ als offiziellen Behördennamen.

Manche der heute zu den SNSB gehörenden Institutionen waren jedoch früher eigenständig,  so beispielsweise das Naturkunde-Museum Bamberg, das es seit 1790 gibt. Jüngstes Mitglied der Staatlichen Naturwissenschaftlichen Sammlungen Bayerns ist das Urwelt-Museum Oberfranken, das seit 1997 dazugehört. Eine völlige Neugründung ist dieses Museum allerdings auch nicht: es existierte bereits seit Mitte des 19. Jahrhunderts unter verschiedenen anderen Namen.

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